A Década de 1990

Bobby Robson, treinador do FC Porto entre 1993 e 1996, ganhando 2 Campeonatos, 2 Supertaças e 1 Taça de Portugal, contribuindo para o famoso Penta

A nível institucional, o clube sofreu fortes transformações nos anos 1990 com a criação da FC Porto, Futebol, SAD e da FC Porto, Basquetebol, SAD, sociedades comerciais que passaram a gerir o futebol e o basquetebol do clube, respectivamente. Foram ainda criadas a PortoSeguro, a PortoComercial e a PortoMultimédia, embora em termos desportivos mais três modalidades tenham sido abandonadas: voleibol (1991), ténis de mesa (1995) e xadrez (1998).
A Futebol Clube do Porto - Futebol, SAD (Sociedade Anónima Desportiva) foi constituído a 5 de Agosto de 1997, sendo seus accionistas fundadores os seguintes:

• Investiantas - Investimentos Desportivos, Lda: 99.997 acções (49.9985%);
• FCP: 80.000 acções (40%);
• Câmara Municipal do Porto: 20.000 acções (10%).

O embrião desta nova sociedade desportiva emerge do Futebol Clube do Porto, instituição de utilidade pública com mais de 100 anos de existência, que tem caracterizado a sua existência pelo fomento da prática desportiva e pela participação em competições das mais diversas modalidades.
A criação da SAD sempre teve em vista a gestão única e exclusiva do futebol profissional do Futebol Clube do Porto. As suas orientações estratégicas fundamentais assentam na procura do sucesso desportivo de uma forma sustentada e a oferta ao público de espectáculos desportivos de elevada qualidade, de forma a satisfazer os seus adeptos e simpatizantes, a população da região em que se encontra implantado e a população do país em geral. Desta forma, as diversas actividades relacionadas com o futebol profissional terão mais e melhores condições para serem desenvolvidas com sucesso.

O Penta-campeonato e o Pleno Nacional de 1999

Os anos 1990 foram, também, de sucesso, sobretudo para a equipa de futebol, que foi campeã oito vezes, cinco delas consecutivas (o histórico Penta, que nunca tinha sido atingido no futebol português e que ainda é feito exclusivo do clube). O FC Porto esteve também em evidência no hóquei em patins (inclusive a nível internacional, conquistando duas Taças CERS), no basquetebol, na natação e no boxe. Em 1993, o Conselho Cultural organizou vários eventos culturais a assinalar o centenário do FCP, tendo sido editada uma medalha comemorativa numerada. Também se realizou um Torneio Internacional de futebol no Estádio das Antas, com a vitória do FC Porto. Em 1995 o FC Porto ultrapassou a marca dos 100 mil sócios e no ano seguinte, pela primeira vez, uma atleta do FC Porto conquistou uma medalha olímpica: Fernanda Ribeiro venceu os 10 mil metros e trouxe o ouro de Atlanta (quatro anos depois traria o bronze de Sydney). Em andebol, o FC Porto reconquistou em 1999 o título de campeão nacional que fugia há 30 anos. Aliás, 1999, além de ter sido o ano do Penta, marcou uma época perfeita para o clube que foi campeão nas quatro modalidades mais importantes no panorama desportivo português: o futebol, o hóquei em patins, o andebol e o basquetebol.

Século XXI

2002-03 e 2003-04 - Topo do Mundo, continuação do domínio no futebol e Pleno Nacional

José Mourinho ganhou a sua primeira Liga dos Campeões ao serviço do FC Porto em 2004.

No início do século XXI, José Mourinho chegou às Antas depois de se ter estreado, como treinador principal, no Sport Lisboa e Benfica e haver-se destacado no União de Leiria. Foi com ele que Portugal, através da equipa de futebol do FC Porto, regressou aos títulos internacionais, conquistando a Taça UEFA em 2002/03 e a Liga dos Campeões da UEFA de 2003-04 - época em que o FC Porto voltou a lograr o pleno nacional, sagrando-se campeão nas quatro modalidades principais. No mesmo ano, já com Victor Fernandez, a Taça Intercontinental seria acrescentada ao palmarés portista, eleito a melhor equipa da Europa em 2003 e 2004.
O impacto da subida do Porto ao topo do mundo ainda se faz sentir hoje, nos coeficientes da UEFA de Portugal.
Entretanto, em 2002, havia sido inaugurado o Centro de Treinos e Formação Desportiva PortoGaia, pela Fundação PortoGaia (criada pelo FC Porto e pela Câmara Municipal de Vila Nova de Gaia) e, em 2003, o Estádio do Dragão, da responsabilidade de mais uma empresa do grupo FC Porto, a PortoEstádio, e da autoria do arquitecto Manuel Salgado. As modalidades que jogavam em casa emprestada desde que, em 2001, o Pavilhão Américo de Sá e as piscinas do complexo das Antas foram demolidos, aguardavam ainda pelo pavilhão, também da autoria de Manuel Salgado, que surgiu junto ao actual estádio e tem o nome de "Dragão Caixa", devido a um contrato de patrocínio celebrado entre o clube e a Caixa Geral de Depósitos.

De 2006 a 2009 - O segundo Tetra do clube e o terceiro de Portugal

Treinador Jesualdo Ferreira, que ganhou o Tri-Campeonato entre 2006/07 e 2008/09 e levou o FC Porto ao Tetra.

O Presidente Pinto da Costa lançou a primeira pedra do "Dragão Caixa", precisamente no dia em que foi reconduzido para mais um mandato à frente dos destinos do Clube e no dia em que o Porto se sagrou Bi-Campeão Nacional de Futebol, num jogo em casa frente ao Desportivo das Aves. Jesualdo Ferreira, treinador dos azuis e brancos, sagrou-se, assim, campeão nacional pela primeira vez, à imagem do que tinha acontecido na temporada transacta com o holandês Co Adriaanse. No ano de 2007/2008, o Porto consegue o tricampeonato. No ano seguinte, ganha o campeonato e concretiza o Tetra, o 2º da história do clube (feito inédito em Portugal) e Jesualdo Ferreira sagra-se o 1º treinador português a conseguir o tricampeonato. No ano de 2009, é inaugurado o pavilhão gimnodesportivo "Dragão Caixa" e nesse pavilhão ganha, no mesmo ano, o octocampeonato do hóquei em patins e o título nacional no andebol.
Na época 2009/2010, o clube ressente-se da saída de diversos jogadores para grandes clubes da Europa e falha o seu segundo Penta-campeonato, ficando em terceiro lugar, atrás de Braga e Benfica, que, com uma época de realce, foi campeão com Jorge Jesus. Porém, nesta época o Porto não deixou de vencer troféus e conquistou a Taça de Portugal.

2010-11 - Glória no Futebol e novo Pleno Nacional

André Villas-Boas tornou-se no segundo treinador a ganhar a Liga Europa da UEFA pelo FC Porto e no mais jovem treinador de sempre a ganhar um troféu europeu

Na época 2010/2011, já sob o comando de André Villas-Boas, o Porto volta aos títulos e à sua soberania desde os anos 1980, vencendo o 25º Campeonato Nacional, invicto, e desta vez em casa do seu maior rival, o Sport Lisboa e Benfica^[14]. Jogo esse que ficou marcado pelo "apagão" de luzes e da ligação do sistema de rega no final do jogo, tido como sinal de pouco fair-play por parte do adversário e inclusivamente criticado pela polícia^{[15][16][17][18]}. Já neste mesmo ano, André Villas Boas havia ganho ao clube de Lisboa a Supertaça Cândido Oliveira^[19][20], somando mais um título ao longo palmarés do Futebol Clube do Porto, e obtido uma vitória histórica por 5-0 ao SL Benfica.^[21][22]
A 20 de Abril de 2011, o Porto conseguiu uma reviravolta histórica nas meias-finais da Taça de Portugal. Após perder por 2-0 em casa^[23], o clube, contra todas as expectativas da imprensa, ganhou no Estádio da Luz por 3-1^[24], carimbando, assim, a presença nas finais da Taça de Portugal, eliminando o SL Benfica dessa competição e da Supertaça de Portugal e confirmando um feito memorável e inédito, ao mesmo tempo que obteve o quarto triunfo em cinco jogos contra o Benfica nesta época.^[25]
Ganhando ao Marítimo por 2-0 fora de casa, a 14 de Maio de 2011, o Porto terminou o campeonato sem derrotas, apenas cedendo três empates contra equipas diferentes, batendo, assim, todos os seus adversários no campeonato. Tal feito não era conseguido desde 1972/1973, sendo, assim, um marco histórico para o futebol português.^[13] Para além de ter igualado este marco, o FC Porto tornou-se no campeão nacional com maior distância para o segundo classificado - 21 pontos de distância para o SL Benfica.^[13] O Porto teve ainda a melhor defesa, o melhor ataque e foi a única equipa a marcar golos em todos os jogos do campeonato.^[13]
A 18 de Maio de 2011 venceu o sétimo troféu internacional e quinto europeu, a Liga Europa da UEFA de 2010-11, sob o comando de André Villas-Boas, derrotando na final por 1-0 o SC Braga, no Aviva Stadium em Dublin, naquela que foi a primeira final europeia entre duas equipas portuguesas^[26]. Radamel Falcao, o autor do único golo, com assistência de Freddy Guarín, também estabeleceu um novo recorde de maior número de golos na Liga Europa da UEFA, com 17 golos em 14 partidas durante a campanha ("play-off" excluídos), superando o recorde anterior de Jürgen Klinsmann.^[27]. Noutro recorde, Villas-Boas tornou-se no mais jovem treinador de sempre a ganhar uma prova europeia.^[28].
Ao longo da sua caminhada europeia, o Porto eliminou adversários de peso como o Villarreal CF, chegando a golear os espanhóis por 5-1, numa partida memorável em que esteve a perder por 0-1 ao intervalo.^[29]. Assim, o FC Porto reforçou a sua liderança no plano nacional e, de maior relevo, no plano internacional, com 7 troféus contra 3 dos rivais Benfica e Sporting.^[26]

A fechar a época, a 22 de Maio de 2011, o Porto conquistou o quarto troféu da época, com Villas-Boas a igualar o feito de Tomislav Ivic^[30]. Foi a Taça de Portugal, que venceu com uma goleada de 6-2 sobre o Vitória de Guimarães^[31]. Com este troféu, o FC Porto ultrapassou o Benfica em troféus oficiais (69 contra 68; Ver Também: Comparação entre títulos de Porto e Benfica).. Também foi a primeira vez que o Porto ganhou três vezes consecutivas a Taça de Portugal.
A época 2010/2011 marcou o ano em que o FC Porto ultrapassou o SL Benfica e se tornou no clube com mais troféus oficiais de Portugal.^{[2][3][4][5][6][7][8][9][10][11][12]}
Em 2010/2011, o FC Porto conquistou um novo pleno nacional, vencendo os campeonatos nacionais de Futebol, Basquetebol (frente ao Benfica, um título que escapava há 7 anos, desde o último pleno), Andebol e Hóquei em Patins (conquistando o deca-campeonato).^[32]